ASP.NET应用程序包括诸如配置信息，全局应用文件，编译组件，以及其他的ASP.NET资源（页面，网络服务等）的集合。这些应用程序时以与传统的ASP同样的方式，使用IIS应用程序的根目录定义的。在默认情况下，IIS中站点的根目录是一个应用程序根目录。这是一个特定网址的根目录。例如在默认Windows2000 IIS安装中，而根目录的物理路径是c:\inetpub\wwwroot。
应用程序的根目录是ASP.NET应用程序的出发点，它包括了诸如global.asax文件以及\bin目录的资源。我们还可以使用IIS MMC管理单元在IIS中创建应用程序。另外，Visual Studio.NET和IIS中包含的命令行脚本也都可以用来创建网络应用程序。创建应用程序的方法有两种：1、创建新的站点。默认状态下，站点的根目录是一个应用程序根目录。2、把文件夹（虚拟的或物理的）标记为应用程序。这是文件夹的根目录就被定义成为应用程序的根目录。
IIS MMC显示了物理目录和虚拟目录，物理目录位于站点中，例如：c:\inetput\wwwroot\Wrox\，其中c:\inetput\wwwroot\是物理目录，而Wrox是在它下一级的目录。虚拟目录也是出现在站点中，不过存在于单独的物理层中，这实际上是个虚拟目录，因为c:\Wrox的物理路径很明显不是我们站点根目录的一部分。因此，虚拟目录非常有用，因为多个虚拟目录可以指向一个共同的文件组，或者共享同样的文件。
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